2006年6月成立溧水县清源水务投资发展有限公司。
 

    2012年7月，县委县政府启动国有资产管理改革，在原溧水县清源水务投资发展有限公司的基础上通过资源整合，成立了南京溧水清源水务集团有限公司。
 

    2013年底，水务集团成立三家全资子公司，由区自来水有限公司负责全区供水设施的建设与运营管理，实行城乡供水经营管理并轨，实现运营一个主体、经营管理一条线，构建城乡供水一体化体系；由秦源污水处理有限公司负责对全区污水处理设施的管理，逐步建立统一经营、统一管理、统一服务的管理体制机制；由清源资产经营管理有限公司负责水库、水利等资产运营管理，保障水利水务各类工程有效持续发挥效益。
 

    2014年4月底，与石湫镇共同成立合资公司南京溧水环山河生态旅游投资发展有限公司，经营范围包括旅游投资等，注册资本2000万元。
 

    2015年，水务集团成立七家镇级水务分公司，负责各镇供水、污水处理事务。
 

    2016年5月，区委区政府进行第二轮国有资产管理综合改革，将原先的南京溧水城市建设集团有限公司、南京溧水清源水务集团有限公司、南京市溧水区交通建设投资有限公司调整重组为南京溧水城市建设集团有限公司，为区直属国有企业。
 

    2019年9月，根据省、市、区有关国有企业改革精神，区水务集团实体化运作，自主经营、独立核算，为南京溧水城市建设集团有限公司的下属全资国有企业。